Tegen de mannen wordt de doodstraf geëist en zij worden in afwachting van het vonnis in de dodencel geplaatst. Omdat de plannen in alle openheid werden besproken, wordt er niet voldaan aan de delictsomschrijving van spionage. ook de jeugdige leeftijd van Backus en Altenburg maakt dat levenslange opsluiting in een tuchthuis passend wordt geacht.
Na bekrachtiging van het vonnis in augustus 1941 zit Backus, met zijn Philips collega’s in Zelle 84 U (Deutsches Untersuchungs- und Strafgefangnis) aan de Pompstationsweg 14.

Jacob Mudde en Sep Altenburg en Backus worden op 23 september 1941 naar tuchthuis Rheinbach overgebracht en op 31 oktober 1941 in tuchthuis Siegburg opgesloten. 
Op 4 september 1944 wordt Backus naar het concentratiekamp Rodggan-Dieburg getransporteerd en eind oktober 1944 wordt hij ingesloten in het tuchthuis Cosweg (aan de Elbe). In diverse kampen moeten ze overdag werken en in avonds opgesloten. Eten en omstandigheden zijn slecht. Het gevaar komt van diverse kanten in de gevangenschap de bewakers en groot aantal gevaarlijke criminele gevangen. Nederlanders zoals 

Vanuit Philips was er zorg voor de "politieke" gevangen in Siegburg
Sep's zus Piets Altenburg kwam in 1943 plotseling op bezoek in Siegburg. 

"Ik wist niet wat ik hoorde toen ik van de Schneidersaal werd gehaald. Dankzij de bemiddeling van Philips was dit bezoek mogelijk. Zij zorgden ervoor dat Piets een visum kreeg. Tot Keulen is ze in de auto van Mr. De Graaff meegereisd. Hij was een bekend iemand bij Philips Later bleek dat hij via Zwitserland een lijn had met Londen. Ik mag niet vergeten te vermelden dat Philips heel veel gedaan heeft voor de werknemers die politiek gevangene waren geworden. Door Piet's  bezoek is Philips erachter gekomen hoe de toestanden waren in het Siegburgse Zuchthaus. In Eindhoven is men daarna aan een inzameling begonnen voor de zieke gevangenen in Siegburg, in het bijzonder voor de t.b.c- patiënten. Bij de boeren in de omgeving van de stad werden levensmiddelen verzameld. De moeilijkheid was toen: hoe krijgen we die pakketten in Siegburg? Philips kwam met de oplossing. Mijn zuster heeft geprobeerd om bij het Rode Kruis in Den Haag etiketten te krijgen voor op de pakketten, maar dit werd geweigerd! O schande! Toen heeft Philips ervoor gezorgd dat alles in Siegburg kwam en de pakketten werden verdeeld onder de zieke gevangenen in het lazaret, de ziekenboeg. Mijn zus had toen een vals visum. Bij dit transport waren o.a. ook betrokken Ineke Krijf (Kruijf?) en de heer De Hartog van de bewakingsafdeling van Philips. Pfarrer Münster heeft er ook nog een rol in gespeeld, want hij werd eerst bezocht, buiten de gevangenis. Toen is ook de basis gelegd voor het transporteren van ernstig zieken naar Nederland, een onwaarschijnlijk verhaal, maar het is wel degelijk gebeurd!"

Vele jaren lang hebben verkeerde berichten rond Philips de ronde gedaan. Philips zou van de oorlogssituatie geprofiteerd hebben. Sep denkt daar anders over. Zo heeft Philips bijvoorbeeld het salaris van alle politieke gevangenen die daar in dienst waren de gehele tijd voor 80% doorbetaald.

Steeds meer gevangenen in Siegburg werden ziek; vaak leden zij aan t.b.c. Mede door het bezoek van Sep's zuster Piets, die alles doorgaf aan Philips, was men in Nederland op de hoogte van de situatie in de Siegburgse gevangenis. In de Starfvollzugsordnung van de Duitse justitie stonden bepalingen, dat ernstig zieken niet in staat werden geacht hun straf te ondergaan en dus naar een ziekenhuis moesten worden vervoerd. Dankzij hoge functionarissen die bij Philips in dienst waren, lukte het om ook zwaar gestraften uit de gevangenis en in het ziekenhuis te krijgen! Henk Visser en Piet Notenboom, beiden veroordeeld tot levenslang, lagen al wekenlang in het 'lazarett' en hadden t.b.c. In dat lazaret was een goede behandeling voor hen onmogelijk Duidelijker: verdere verpleging ter plekke zou voor hen de dood tot gevolg hebben.

Via allerlei kanalen is het toen gelukt om voor hen een strafonderbreking te krijgen. Maar daartoe zouden ze naar Nederland vervoerd moeten worden. Een ziekenauto van Philips zou de afstand niet kunnen afleggen, vanwege het grote tekort aan benzine. De oplossing hiervoor was om de ziekenauto op een vrachtwagen te zetten. De vrachtwagen kon op houtgas rijden; de ziekenauto niet.

In mei 1944 zagen de gevangenen vanuit de Schneidersaal dit merkwaardige transport het terrein van het Zuchthaus oprijden. Hierna zijn er nog zes gevangenen, waaronder Tom Rouppe van der Voort. De net afgestudeerde en Engelandvader Nederlandse arts Frithjof B Heberlein heeft vele gevangenen medisch gered. In 1979 heeft hij hiervoor nog een onderscheiding gehad. 

De Geallieerden bevrijden het tuchthuis op 28 april 1945. Na omzwervingen komt Sep op 29 mei 1945 in Luxemburg aan en rond 15 juni 1945 is Sep weer thuis, in Eindhoven.
In het boek "Levenslang" geschreven door Jurr van der Giessen gaat veel dieper in zijn periode in diverse gevangenissen, hij zit daar met Louis Backus. Hij heeft Louis loslippigheid al lang vergeven, die daar zelf wel veel moeite mee heeft. Mudde zit gevangen op een andere afdeling.