Zo is hij samen met Iman van de Bosch betrokken bij een spionageaffaire die als gevolg van verraad aan het licht komt. Ondanks dat leidt het mede tot het eerste bombardement op de Philipsfabrieken op 6 december 1942. Dit heeft wel tot gevolg dat Iman van den Bosch en zijn secretaresse, die daar ook bij betrokken is, eind september/begin oktober 1942 moeten onderduiken. 

In januari 1943 weet Harry Linthorst ternauwernood aan arrestatie te ontkomen. Tijdens een ochtendvergadering op 13 januari 1943 bij Philips Hoofdkantoor dreigde hij door SD gearresteerd te worden. De heer P.R. Dijksterhuis, werkzaam op het hoofdkantoor, waarschuwt hem. Hij kan op tijd uit het Philips kantoor ontsnappen. Hij duikt onder, eerst in een zomerhuisje in Sint-Michielsgestel en later in Den Haag.
Op 22 september 1943 onderneemt hij onder de schuilnaam ‘Kapitein George Laurant’ namens het NSF de tocht naar Londen.
Daar komt hij uiteindelijk half december 1943 aan via Brussel, Parijs, Toulouse, de Pyreneeën en verder via Saragossa en een drietal Spaanse gevangenissen. Waaronder vijf dagen in de gevangenis van de noord Spaanse stad Lerida. Op deze reis kwam zijn grondige kennis van de Franse taal hem uitstekend van pas. De anekdote vertelt: dat hij op 5 december 1943 Sinterklaas speelt in de woning van de ambassadeur in Madrid. Hierna vertrekt hij via Gibraltar naar Londen. Op 16 december 1943 wist hij het vrije Engeland te bereiken. Het klinkt allemaal zo eenvoudig. Maar zo'n reis in die tijd, onder die omstandigheden was helemaal niet eenvoudig en vol gevaren.

In Londen houdt hij een vurig pleidooi ten overstaan van de regering in ballingschap voor het verstrekken van machtigingen aan het NSF ten behoeve van de financiering van het verzet. Kort daarna volgen de machtigingen. 

Kort na zijn aankomst in Engeland informeert hij de regering ook over zijn slechte ervaringen in Spanje. Dat betreft met name de moeilijke doorstroming van Engelandvaarders. Na een inventarisatie van de problemen besluit Somer, het hoofd van het Bureau Inlichtingen (BI), om de opvang van Engelandvaarders in Madrid te gaan verbeteren. Daartoe opent BI in Madrid een dependance. Mr. Harry Linthorst Homan, die dan werkzaam is als ambtenaar op het Ministerie van Binnenlandse Zaken van de Nederlandse regering in ballingschap, krijgt de leiding over de Buitenpost Madrid.

De Enquête Commissie Regeringsbeleid 1940-1945 .heeft zich in het rapport over de hulp aan Nederlandse vluchtelingen in de oorlogsjaren in Spanje niet vleiend over jhr. mr. W. E. van Panhuys uitgelaten. De commissie zegt, dat het de gezantschapsraad niet bepaald heeft ontbroken aan goede wil, maar klaarblijkelijk was hij tegen zijn taak niet opgewassen en is hij tekortgeschoten in effectieve hulpverlening aan de Nederlandse uitgewekenen. In aanmerking dient echter te worden genomen, dat zijn taak in deze zeer bijzondere omstandigheden wel zeer zwaar is geweest, aldus de commissie.
Na een inventarisatie van de problemen besloot Somer om de opvang van Engelandvaarders in Madrid te verbeteren. Het BI opende in Madrid een dependance. Mr. Harry Linthorst Homan kreeg de leiding over de Buitenpost Madrid. (Het vrije volk : 
13 - 02 - 1964)

Kort na de oorlog komt hij in beeld voor de functie van Commissaris van de Koningin in de provincie Friesland. Daarover gaat de volgende anekdote:
In het najaar van 1945 laat Schermerhorn, dan minister president, Koningin Wilhelmina weten dat Minister Beel tevergeefs Linthorst Homan heeft aangezocht voor de functie van Commissaris van de Koningin in Friesland. De reden daarvoor is dat hij vindt dat hij als Drent daar niet op zijn plaats is. De Koningin antwoordt daarop:”Zeg tegen Harry Linthorst Homan dat, als zijn vader nog had geleefd, hij ongetwijfeld zou hebben gezegd:”Harry, je hoort dit te doen”. Harry wil het uiteindelijk wel doen, maar wel met een proeftijd van twee jaar. Uiteindelijk blijft hij 25 jaar op die post. ”
Harry Linthorst is een man met stijl. Hij zit de Statenvergaderingen voor in jacquet en voert het Fries in als tweede spreektaal. Daarmee maakt hij zich populair in zijn provincie.
Bij zijn benoeming in 1957 tot ere-voorzitter Friesland 1940 – 1945 roemt men ook het feit dat hij al vroeg in de oorlog bezig was met: "het oprichten van een der eerste Inlichtingendiensten annex verzetsgroep, het leggen van contacten in kringen van het voormalige Nederlandse leger, werk voor het Nationaal Steunfonds en het Nationaal Comité, het reorganiseren van enkele escape-lines."
Van 1969 tot 1979 is hij voorzitter van het Genootschap Engelandvaarders.
Hij overlijdt op 83-jarige leeftijd en ligt begraven in het familiegraf bij de Hervormde Kerk in Havelte.


Nederlandse regering in Londen stelt zich garant
De situatie van financiering van de steunfondsactiviteiten en hij aandringt aan op financiële hulp voor het verzet. De regering stelde zich mede op aandringen van het Bureau Inlichtingen garant voor de terugbetaling van een bedrag van dertig miljoen gulden aan het Steunfonds. Op 10 januari is deze garantie gegeven. Een microfoto, verborgen in een manchetknoop, van deze belangrijke garantieverklaring kon door een gedropte agent in januari 1944 alléén aan Van den Bosch worden overhandigd.